En los monasterios y después en las imprentas se tenía la costumbre de economizar letras abreviando para ahorrar esfuerzo en las tareas de copiado y colocación de caracteres. Así, la secuencia procedente de la geminada latina «nn» se escribía con una pequeña tilde encima de la ene: «ñ»; tal tilde o virgulilla (~) representaba a una n pequeña y “achatada” cursivamente. Lo mismo sucedió en portugués con «an» y «ã»; p. ej., annus > añus; y el grupo romance nn > ñ que se había palatalizado a lo largo del tiempo en la península ibérica.
La ñ en español representa un sonido nasal palatal (según el Alfabeto Fonético Internacional, /ɲ/), que significa que el aire escapa a través de la nariz y es articulada con la parte media o trasera de la lengua contra el paladar óseo.
En español y otras lenguas (como las lenguas filipinas, aimara, quechua, mapuche, mixteco, zapoteco, guaraní, vasco, chamorro, bubi, leonés y yavapai) cuyas ortografías tienen base en la del español, representa la nasal palatal. En gallego representa ese sonido y además aparece ya en el primer texto en gallego que se conserva, el Fuero de Castro Caldelas escrito en 1228.
En tagalo, visayano y otros idiomas filipinos, la mayoría de los términos que incluían ñ se pasaron a escribir con ny con la ocupación estadounidense de Filipinas, en un esfuerzo norteamericano por la deshispanización del archipiélago. Aun así sobrevivió en muchos nombres propios, que suelen conservar la ñ y su grafía original española (como Santo Niño, Parañaque, Mañalac, Malacañán) y aunque con poco uso tiene presencia como decimoquinta letra en el alfabeto filipino. En la ortografía filipina antigua, la letra también se usaba, junto a g, para representar el sonido nasal velar [ŋ] (excepto a final de palabra, cuando se usaría ng) si era apropiado en lugar de una tilde, que originalmente abarcaba la secuencia de n y g (n͠g), como pan͠galan (“nombre”). Esto se debe a que la ortografía antigua se basaba en español, y sin la tilde, pangalan se habría pronunciado con la secuencia [ŋɡ] (por lo tanto, pang-GAlan). La forma ñg se convirtió en una forma más común de representar n͠g hasta principios del siglo XX, principalmente porque estaba más disponible en tipografías que la tilde que abarca ambas letras.
También aparece en varios términos del inglés de origen español, como jalapeño, piña colada, piñata y El Niño. La palabra española cañón, sin embargo, se naturalizó como canyón, por lo que el Gran Cañón del Colorado es escrito como Grand Canyon. Hasta mediados del siglo XX, adaptarlo como nn era más común en inglés, como en la frase “Battle of Corunna”. Ahora, casi siempre se deja sin modificar. La llamada Society for the Advancement of Spanish Letters in the Anglo Americas (SASLAA) es una organización preeminente enfocada en promover la adopción permanente de ñ en el idioma inglés.
